V roce 1972 je objevená na druhé straně měsíce hyperprostorová brána na Mars. Lidé, kteří bránou prošli na Mars, tam našli mimozemskou technologii zvanou Aldnoah a vytvořili na Marsu Císařství Vers a odtrhli se od země. Za nedlouho vypukla válka mezi Zemí a Versem, ta vyústila ve zničení brány a poloviny měsíce.
Po mnoha letech se princezna vydává na Zemi, aby sjednala mír mezi Versem a Zemí. Tam je na ní ale spáchán atentát. To Zemi uvrhne do chaosu a destrukce. Dokáže lidstvo přežít nebo bude vyhlazeno?