Záhadný paprsek světla začne ničit zemskou atmosféru. Flash Gordon, Dr. Zarkov a Dale Ardenová společně se sarkastickým reportérem Happym Hapgoodem naskočí do své rakety a zamíří k planetě Mongo, odkud si myslí, že paprsek vychází. Jenže jakmile se dostanou do vesmíru, zjistí, že paprsek ve skutečnosti vychází z Marsu.
Když se dostanou na čtvrtou planetu, objeví tam starého nepřítele Minga Nemilosrdného. Jenže zatímco si všichni mysleli, že je mrtvý, Ming zformoval alianci společně s Azurou, čarodějnickou královnou Marsu. Z její planety pak vysílá gigantický Nitronový paprsek, aby zničil zemskou atmosféru. Flash Gordon se musí spojit s jeskynními lidmi z planety, aby mohl bojovat s Azurou a jejími vesmírnými silami a zastavil Minga od zničení Země.